발생한 위치나 크기에 따라서 다르지만 크기가 작을 때는 자각 증상이 그다지 보이지 않습니다. 어느 정도 근종이 커지게 되면 일반적으로 월경량이 많아지고 생리통도 심해집니다. 특히 자궁의 안쪽에서 발생하여 자라는 점막하 근종에서는 자궁내막의 면적이 커지기 때문에 출혈량이 많아지고 출혈로 인한 빈혈도 나타날 수 있습니다. 또한 방광과 직장 사이에 있는 자궁에 혹이 커지다 보면 혹의 압박으로 소변이 자주 마렵고 변비가 생기거나 허리가 아픈 증상 등이 흔히 올 수 있습니다. 월경전이나 월경기 때 유방통이 나타나며, 월경주기가 일정치 않고, 월경색이 검고 생리시 덩어리 피가 나오기도 합니다. 종양이 큰 경우 아랫배에서 딱딱한 혹이 만져지기도 합니다.
근종은 위치나 크기에 따라 불임, 유산, 조산 등에 영향을 미칠 수 있습니다. 불임환자의 5~10%가 자궁근종과 관련이 있으며, 자궁근종이 불임의 유일한 원인 인자인 경우는 3~5% 정도인 것으로 알려져 있습니다. 자궁내강에 변화를 주는 근종이 발생했을 때, 불임이나 유산의 원인이 되기도 합니다. 장막하 근종은 임신율에 영향을 주지 않지만 점막하 근층내 근종은 영향을 미쳐 임신율이 떨어집니다.
이처럼 근종은 몇 가지 이유로 불임을 일으킬 수 있습니다. 자궁 내막의 변화로 말미암아 수정란이 자궁벽에 착상하기에 부적당할 수도 있고, 난관 중 한 개 이상이 눌리거나 막혀서 정자가 난자에 도달하는 것을 방해하기 때문일 수도 있습니다.

초기에는 무증상이며 증상이 있는 경우 가장 흔한 증상은 질 출혈입니다. 대부분 성교 후 출혈로 나타나나 불규칙한 출혈 또는 폐경 후 출혈로 나타나기도 합니다. 병변이 진행된 환자에서는 악취성 질분비물, 체중감소, 배변곤란, 하복부와 하지의 통증 등이 있을 수 있습니다.

자궁내막증의 대표적인 증상은 생리통을 포함한 골반통이나 요통입니다. 그러나 증상이 없는 경우도 있습니다. 자궁내막증으로 인한 생리통은 생리가 나오기 전에 시작되며, 생리 기간 동안 내내 지속됩니다. 초경 이후 한 번도 빠짐없이 생리통을 겪는 경우도 있으며, 대개 하복부 양쪽에 통증이 옵니다.
골반강 내에는 면역 작용을 주로 하는 거식 세포가 자리잡고 있습니다. 자궁 내막증에 걸려 자궁 내막 세포가 골반강 내로 흘러 들어가면, 이것을 정화하기 위해 거식 세포의 활동력이 왕성해지게 됩니다. 활동력이 왕성해진 거식 세포는 흘러 들어온 자궁 내막 세포뿐만 아니라 사정된 정충까지도 잡아먹어 불임을 야기시키기도 합니다. 염증 반응이나 유착으로 인해 나팔관의 움직임이 제약을 받아 난소에서 난자가 배란되기 어려운 경우도 생깁니다.